如今超市行业面临转型，得生鲜者得天下的观点也普遍被业界认可，但生鲜经营同样存在很多困难与问题。
毛利问题
生鲜经营普遍存在毛利率较低的状况。在连锁超市中，生鲜经营虽然是今后的发展方向，但其向来都是一个“烫手的山芋”，目前国内绝大部分超市都是“赔钱赚吆喝”。北京某位超市负责人坦陈，生鲜商品毛利低，损耗大，他们从开业至今还未能赢利。
而很多超市现在做生鲜商品的主要目的也只是为了聚人气。通过吸引客流，进而带动其他商品销售，由此产生的毛利再来弥补生鲜的亏损。事实上，从一些已开张的生鲜超市来看，都有两成以上场地经营日用百货，这些在满足市民“一次性购足”需求的同时，也从一定程度上弥补了生鲜亏损。
生鲜商品的损耗率高得惊人。据统计，生鲜商品的损耗率一般在30％左右，而10％之内皆属正常现象。在超市里经常可以看到，有的顾客将几斤重的新鲜白菜剥成不足半斤的菜心购买；部分贝壳类水产在挑选时因挤压而死亡；许多市民甚至干脆带着刀进来，在现场对果菜“斩头去尾”……
一方面，生鲜商品容易出现损耗，在加工、销售、退货等环节都有损耗发生；另一方面，生鲜超市的日常管理难度较大，房租、冷藏设备的日常开支也不低。这样，最后留给超市的利润就微乎其微了。
人才奇缺
一些生鲜超市经营困难甚至关门歇业，这与其缺乏专业人才、管理手段陈旧、经营成本高有很大关系。管理生鲜超市专业性很强，这就需要专业人才来打理，而行业内人才的奇缺给生鲜经营带来了很大的困难。
目前社会上生鲜经营专业人才缺失已是一个不争的事实。一些企业的生鲜人才要么从别的企业“挖”过来，要么只能靠自己培养。
缺乏特色和差异化
目前，部分企业生鲜经营存在产品同质化的情况，品类结构雷同，不能给消费者带来新鲜的感觉，单纯依靠价格竞争。
由于竞争和生鲜品加工技术含量不高，同种业态之间生鲜商品结构一直存在着同质化的问题，生鲜经营项目可模仿和复制性非常高。由此可以看出两个方面的问题：一是企业对生鲜新品开发的力度和投入不够，新项目的开发方式比较粗糙，因此无法掌握特色商品的独有技术；二是生鲜加工制成品的更新比较慢，时间周期一长，特色商品的销售业绩也会“褪色”。所以，生鲜商品研发将是考验零售企业与供应链上游企业合作成效的关键环节。
联营还是自营？
联营与自营的选择是近年来始终困扰着连锁超市生鲜经营实际运作的问题之一，挥之不去，却又困扰不断。
对于国内连锁企业来说，如果选择生鲜自营的方式，首先就会面临不小的前期设备投入，各个部门和各个环节的设备都不能少；进而又会遇到现场管理问题，生产管理、产品核算、库存以及损耗控制等问题，管理功力不到就犹如置身于无底洞中一般；最后是日常营运费用偏高，对生鲜加工“手艺”的依赖性过大，因此“手艺人”的工资支付标准也比较高。高投入、难管理、高费用和低毛利，凡此种种已经足以使连锁超市在生鲜自营的选择面前望而却步了。
那么，如果选择生鲜联营方式又会如何呢？这种方式确实让连锁超市的回报得到了基本保证，经营风险完全转移给了联营厂商，但同时也基本放弃了超市在生鲜商品结构、品种选择、定价、存货控制和促销等方面的经营控制权，生鲜商品分类管理也会存在混乱和失控的危险，这种生鲜部门联营的方式限制了超市整体经营运作能力的提高。
联营与自营各有优势，但目前都存在不可克服的漏洞。生产厂商和零售商合作关系到底应该如何定位，还有没有第三条路可走？这是目前企业必须解决的问题。
